2003年7月由中国科学院、广东省人民政府、广州市人民政府三方签约共建，于2006年3月获得中编办批复正式成立。现有在职职工378人，拥有学科带头人45人，90%以上从海外引进（含2位非华裔科学家），其中国家级人才计划入选者5人、国家杰出青年科学基金获得者3人、国家优秀青年科学基金获得者7人、国家高端外国专家引进计划14人。现有在学研究生470人，其中博士生213人，硕士生257人。

    广州健康院建有细胞谱系研究中心、谱系技术与装备研究中心、数字生物医学研究中心、发育与再生医学研究中心、医药创新研究所等5个科研单元，拥有分析测试中心、实验动物中心、生物医学数据与超算中心、治疗性细胞制备研究中心、移动式生物安全三级实验室，以及多个特色支撑平台等完善的支撑体系。在此基础上，已建成广东省干细胞与再生医学重点实验室、广东省生物医药计算重点实验室、中国—新西兰生物医药与健康“一带一路”联合实验室、呼吸疾病全国重点实验室（与广州医科大学共建）、中国科学院免疫应答与免疫治疗重点实验室（与中国科学技术大学共建）等多个国家级、省部级实验室平台。