中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是国立综合性海洋研究机构,研究所有海珠园区和南沙园区2个园区。拥有海洋科学、环境科学与工程2个博士后科研流动站。

聚焦“四个面向”抢占科技制高点。研究所以“立足岛礁、深耕南海、跨越深蓝”为使命定位，支撑南海安全与可持续发展，服务国家“南海战略”、“一带一路”倡议、“粤港澳大湾区战略”为战略目标，主攻南海及热带大洋海洋动力过程与环境效应、南海岛礁可持续发展、海洋环境安全保障，锚准国家重大战略发展需求，着力突破海洋领域前沿科学问题和关键核心技术，建成国际水平的热带海洋科学研究、人才培养、成果转移转化三个高地。

构建高能级科研创新平台体系。研究所设有国家重点实验室1个、中国科学院重点实验室及研究中心5个、“一带一路”联合实验室1个，中国科学院海外基地1个，省级重点实验室4个，国家野外科学观测研究站3个及临海实验站3个。拥有3艘大型海洋科学考察船，仪器设备公共服务中心、海洋环境检测中心、南海海洋生物标本馆和海洋信息服务中心等科研支撑平台。